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1.平菇细菌性褐斑病
病菌主要危害平菇的表皮，而不深入菌肉组织，在菌盖表面，病斑多出现在与菌柄相连的凹陷处，呈近圆形或梭形，稍凹陷，边缘整齐，表面有薄层菌脓。单个菌盖上有几十个或上百个褐色病斑，但不引起子实体变形或腐烂。
(1)发生病原：覆土用的土壤有细菌或用水不洁，菇房通风不好，湿度过大，菌盖表面长时间积水都易导致该病的发生。
(2)防治方法：使用清洁的水喷洒子实体表面，多注意通风，防止菌盖表面长期积水，覆土前要进行消毒处理。发生此病后，可喷洒150mg/L漂白粉溶液，用100-200单位的农用链霉素也可起到有效的防治效果。
2.平菇细菌性腐烂病
发生此病的平菇，病害多从菌盖边缘开始发生，出现淡黄色水渍状斑纹，从菌盖边缘向内扩展，然后延伸至菌柄，最后子实体呈淡黄色，腐烂并散发出臭味。
(1)发生原因：不洁土壤及用水是发病的主要原因，高温、高湿的环境有利于该病的发生和传播。
(2)防治方法：春秋季易发病期注意控制菇房湿度、温度，防止高温、高湿。发病后加强通风，充分降低湿度，清除病茹，清理料面。使用清洁的水喷洒子实体表面，多注意通风。发生此病后，可喷洒150mg/L漂白粉溶液，用100-200单位的农用链霉素也可起到有效的防治效果。用万消灵8-10片加水10kg连续喷洒2-3天，每天1-2次。
3.平菇枝霉菌被病
(1)表现症状：培养料表面被病菌浓密气生菌丝覆盖，出菇少或不出菇，已形成的子实体菌柄及菌褶部位长满白色菌丝，菌柄基部呈水渍状软腐。
(2)发生原因：病菌生活在土壤中或有机物上，覆土栽培时易发生此病。
(3)防治方法：覆土土壤进行消毒处理，出菇期加强通风，降低环境空气温度，用稀释500倍的多菌灵溶液或稀释700倍的托布津溶液喷洒染病部位。
4.胡桃肉状菌病
(1)表现症状：胡桃肉状菌侵入培养料后，初期为丛状的茂密白色小菌丝，随着菌龄增加变成黄白色，后逐渐变成囊果。胡桃肉状菌子囊果外形呈胡桃肉状或牛脑状，菌块成熟时变成暗红色。
(2)发生原因：病原狍子可随风传播，长期生活在土壤和病残组织上，在温度高、湿度大的条件下易发生。
(3)防治方法：避开高温，适温播种，等气温稳定右25度左右时再播种。在发酵时控制料温在70度，保持12小时。发病后要及时停水，加强通风，挖除病灶，撒上多茹丰干粉，让其干燥。待温度降至18度时开始浇水催菇。采用熟料栽培能有效地防止胡桃肉状菌的危害。
5.平菇病毒病
(1)表现症状：该病是由病毒引起的一种具有传染性的平菇病害，感染病毒的平菇子实体畸形，不形成菌盖或菌盖很小，菌盖表面有水渍状环形条纹，菌盖边缘呈现波浪形或具深缺刻状。菌盖缩小，菌柄肿胀成近球形，或菌柄呈扁形弯曲，表面凸凹不平。菌盖和菌柄都有明显的水渍状条纹或斑纹。带病的狍子是病毒的主要来源。病毒也可在菌丝体内生存，带病的菌丝体也会与健康菌丝连接而传播病毒。
(2)发生原因：栽培场地卫生差，使用已感染病毒的劣质菌种发菌或出菇期间感染病毒。
(3)防治方法：选用优质菌种，搞好栽培场地环境卫生，定期消毒，发现病菇及时清除。
